2011-12-16
為基因分析大幅縮短工作時間
NVIDIA Tesla GPU助研究更有效率
文: Jack Choi / 新聞中心
文章索引: IT要聞 處理器 NVIDIA

NVIDIA 14 日舉行亞洲 GPU 技術大會,其中於大會上宣佈基因體研究機構華大基因採用內建 NVIDIA Tesla GPU 的 server farm ,大幅縮短基因分析工作所需的時間,將原先需時大約四天的大批量 NDA 定序資料分析時間銳減至六小時,大幅提升工作效率,為基因研究進度提供了重要突破。

 

據 NVIDIA 指出,目前華大基因的研究人員已開發了三款可由 NVIDIA Tesla GPU 加速的基因組資料分析應用程式,其中包括 SOAP3 對比應用程式、 GSNP(SNP 偵測 ) 以及 GAMA ( 高解析度基因定型分析工具 ) ,透過具備 GPU 加速功能,可以快速分析資料,並深入了解細菌、植物以及人類的基因,讓研究人員及專業醫療人員提供能夠找出有效且具經濟效益的個人化醫學和治療方法。

 

其中, SOAP3 對比應用程式可讓定序儀產生的基因短序列與現有的參考基因組序列進行對比,經 GPU 加速後可在數十秒內讀取一百萬短序列片段的速度找出三項不匹配的比對,比較以往需要數十分鐘大幅縮短。

 

GSNP(SNP 偵測 ) 則是一個廣泛使用的 SOAPsnp 軟體應用程式,並透過 GPU 提升速度,可偵測基因組中 DNA 的單核苷酸多型性 (SNP) 之各種變化,讓研究人員及專業醫療人員可更快速研究細菌、病毒和藥物的反應。

 

GAMA ( 高解析度基因定型分析工具 ) 則可找出特定基因變種的分佈情況或頻率,例如一組基因中的眼睛顏色或攝護腺癌的傾向。

 

據 NVIDIA Tesla 事業部經理 Sumit Gupta 表示,運用更容易、更快和更經濟的 DNA 資料分析技術,是唯一可讓科學界實現 1,000 美元基因組里程碑的方法。 GPU 運算讓研究人員可在他們各種科學應用中達到空前的速度提升,有助於他們為所有類型的重大研究降低成本和複雜度。

 

NVIDIA HQ Office

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