台灣監管部指控「阿里巴巴台灣分公司」偽裝身份，被罰款 12 萬台幣並要求該公司半年內立即補辦申請資料，據指「阿里巴巴台灣分公司」於 2008 年在台灣申請成立分公司，向台灣經濟部宣稱為新加坡企業，當年台灣尚未開放大陸公司投資，直至 2009 年才正式開放投資限制。

據了解，「阿里巴巴台灣分公司」早於 2008 年已申請成立，並聲稱公司為新加坡企業，全名為「 ALIBABA.COM SINGAPORE E-COMMERCE PRIVATE LIMITED 」，在台灣營運資全為 1 百萬新台幣，代理人為傅紀清，分公司所在地於台北南京東路 5 段 188 號 11 樓，核准日期為 08 年 4 月 9 日。

雖然台灣經濟部投番會雖質疑兩者關係，但阿里巴巴台灣分公司堅稱為新加坡資金，加上分公司尚未在台灣經營「淘寶台灣」業務，因此未能掌握證據未有檢控，但阿里巴巴在美國上市，其資料因此被確定為中國大陸阿里巴巴同一集團，因此台灣經濟部決定向「阿里巴巴台灣分公司」開出罰單，由於該公司在台資本額僅 1 百萬新台幣，因此只能按比例開出最低 12 萬新台幣罰款。

阿里巴巴未有對罰單提出反對，但解釋阿里巴巴控股公司現時在美國上市，其中國股東資本只有 16.28% ，資金不應被認定為陸資，當時以新加坡企業註冊全因要付合法例需要，使用新加坡企業註冊並無不法。阿里巴巴需要在半年內向台灣經濟部補辦申請資料，否則「淘寶台灣」無法繼續營運。