不少用家發現在使用 Limera1n Jailbreak 後，雖然能成功讓 iPhone 、 iPod Touch 及 iPad 成功使用 Cydia ，但卻會出現無法透過 Cydia 伺服器下載 Cydia Store 的 Apps ，以及安裝軟件時可以出現無法完成。據 Cydia 創辦人 Jay Freeman 表示，由於沒有測試 Limera1n 與 Cydia 的相容性，出現問題無可避免，但已更新 Cydia 伺服器以配合 Limera1n ，說明中對 Geohot 突然推出 Limera1n 頗有微言。

Jay Freeman 針對部份使用 Limera1n Jailbreak 後，使用 Cydia 可能出現的問題，但由於 Limera1n 在數天內推出了共六個版本的修正，故此在收到有問題報告時，需要分辨問題來源是來自 Limera1n 工具還是 Cydia 出現問題。

據了解， Jay Freeman 已於今天完成 Cydia 程式更新，並且針對 Cydia 伺服器作出了部份改動，大部份問題已被解決，如有再有任何更新，用戶可以在 Cydia 軟件的公告欄中得悉。