中科院完成首次H1N1病毒電腦模擬
科技發展對日常生活擔當最要角色, NVIDIA 22 日宣佈中國科學研究院研究人員運用 NVIDIA Tesla 繪圖處理器完成全球第一次原子級完整 H1N1 流行性感冒病毒電腦模擬,為流行性感冒預防方法的研究取得重要突破。
以往,由於細菌和病毒的反應作用快速,而且不容易擷取,在實驗室實驗來研究各種細菌和病毒是非常困難,而且難有適合模擬數十億粒子的環境條件,因此從前超級電腦的能力都無法做到這些系統的電腦模擬。
不過據 NVIDIA 表示,中國科學研究院過程工程研究所早前採用了一台搭載超過 2,200 顆 NVIDIA Tesla GPU 的 Mole-8.5 GPU 加速超級電腦,為分子動力學模擬作為「運算顯微鏡」探視 H1N1 病毒之原子結構,研究人員能夠模擬完整的 H1N1 流行性感冒病毒,有助在驗證有關這項病毒的理論性和實驗性理解。
據了解,研究人員藉由發展出一個可運用 GPU 加速的分子動力學模擬應用程式,並在一台內含 288 個伺服器節點的 Mole-8.5 GPU 超級電腦上執行,系統可整合 1 飛秒的積分時間間隔,為 3 億個原子或基 (radical) 進行每天 770 微微秒的模擬。據中科院過程工程研究所助理教授任瑛博士表示, Mole-8.5 GPU 超級電腦讓實現許多從前無法做到的科學研究,這項研究對於發展更有效的傳染病控制方法和設計預防藥物而言,都是非常重要的一步。
除了 H1N1 流行性感冒病毒之外,目前中國正運用搭載 GPU 的高速運算系統進行眾多科學研究,並中包括模擬氣流是研究暴風雨形成到化學產業混合過程的核心環節、運用天河一號 A 超級電腦系統模擬長波的輻射物理模式、以及為各種融合能源模擬的 Gyrokinetic Torodial Code 軟體程式加速運算等。